Se llevó a cabo un sorteo público en el Consejo Nacional Electoral (CNE) para determinar el orden de los candidatos en el escenario y el orden de intervención por cada tema en el debate de la segunda vuelta electoral.
El sorteo tuvo lugar en las instalaciones del CNE en Quito el martes 26 de septiembre de 2023. Como resultado, el candidato Daniel Noboa del movimiento ADN estará ubicado en el ala izquierda, mientras que su contendora a la Presidencia, la candidata Luisa González de la Revolución Ciudadana estará en el ala derecha. Además, se estableció que Daniel Noboa intervendrá primero en el eje económico y social, mientras que Luisa González intervendrá primero en los ejes de seguridad y político.
El debate es obligatorio para los candidatos según lo estipula el Código de la Democracia y se llevará a cabo el domingo 1 de octubre de 2023.
Durará dos horas con cuatro bloques de 25 minutos cada uno. Cada eje tendrá dos preguntas y se ha ampliado el tiempo de intervención para los candidatos. Se les dará dos minutos para responder a las preguntas y 25 segundos para las réplicas.